Programme des cours 2016-2017
| STAT0077-1 | |||||||||||
| Traitement et analyse informatiques de données biologiques | |||||||||||
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Durée :
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| 25h Th | |||||||||||
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Nombre de crédits :
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Nom du professeur :
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| Patrick Meyer | |||||||||||
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Langue(s) de l'unité d'enseignement :
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| Langue française | |||||||||||
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Organisation et évaluation :
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| Enseignement au deuxième quadrimestre | |||||||||||
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Unités d'enseignement prérequises et corequises :
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| Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme | |||||||||||
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Contenus de l'unité d'enseignement :
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| Dans différents domaines de la biologie, l'évolution des technologies aboutit à la production de sets de données bruts de plus en plus volumineux. Le cours consistera en une découverte de l'utilisation d'outils informatiques et statistiques adaptés pour l'analyse de sets de données biologiques importants.
Diverses notions seront revues par le biais d'exercices, depuis des notions générales (vecteurs et matrices, tests de normalité, test d'équivalence) jusqu'à la mise en œuvre de solutions complètes d'analyse exigées par des problèmes particuliers. Concrètement, le cours sera axé sur l'usage du langage R dont le professeur est un contributeur du language à travers des packages disponibles depuis 2007. |
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Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement :
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| Réflexes et autonomie pratique nécessaires pour pouvoir aborder le traitement et l'analyse de sets de données biologiques complexes avec le logiciel R, depuis la compilation de données à partir de différentes sources jusqu'à la synthèse de résultats statistiques et leur visualisation. Capacité à planifier les différentes étapes d'un processus d'analyse de données. | |||||||||||
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Savoirs et compétences prérequis :
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| Les étudiants sont invités à revoir les bases qu'ils auraient déjà acquises dans les domaines suivants : statistique et programmation. | |||||||||||
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Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
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| Mini-exposés théoriques, démonstrations et exercices pas à pas, travaux pratiques sur ordinateur. | |||||||||||
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Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
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| Ce cours est principalement en présentiel. | |||||||||||
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Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
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| Getting Started with R: An Introduction for Biologists (Oxford Biology 2012) by Andrew P. Beckerman and Owen L. Petchey | |||||||||||
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Modalités d'évaluation et critères :
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| Les étudiants sont évalués à travers un examen essentiellement pratique, avec des questions similaires aux exercices vus pendant l'année. Quelques questions théoriques ou de réflexions peuvent aussi être ajoutées à l'examen pratique.
Un projet d'année individuel qui consiste à résoudre quelques exercices pratiques comptera pour -1 0 +1 (/20) dans la cote finale. L'examen est partiellement à livre ouvert. Certaines sources d'information seront mises à disposition par les enseignants le jour de l'examen (comme les les exercices et les diapositives du cours) mais toute autre source d'information sera interdite (notes manuscrites, livres, internet,...). L'examen est prévu en salle informatique avec une durée de deux heures (1h30 additionnelle pourra être obtenue avec un impact sur la cotation). L'examen est écrit (sur machine). |
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Stage(s) :
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Remarques organisationnelles :
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| Toutes les séances se font sur ordinateur dans la salle de labo B (étage -1) du B22. | |||||||||||
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Contacts :
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| Prof. Patrick Meyer
Département des Sciences de la Vie
Bât. B22, local 3/03 Campus du Sart-Tilman Chemin de la Vallée, 4 4000 Liège - Belgique Tél: 04/366 3030 email: patrick.meyer@ulg.ac.be(Patrick.Meyer@ulg.ac.be ) Assistant: Damien Sirjacobs ( d.sirjacobs@ulg.ac.be ) |
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