Programme des cours 2016-2017
MICR0120-8  
Microbiologie générale
Durée :
16h Th, 10h Pr
Nombre de crédits :
Bachelier en sciences biomédicales3
Bachelier en sciences dentaires2
Nom du professeur :
Marie-Pierre Hayette, Pierrette Melin
Coordinateur(s) :
Pierrette Melin
Langue(s) de l'unité d'enseignement :
Langue française
Organisation et évaluation :
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement :
- Ce cours introduit l'étudiant à l'univers invisible des microbes et à leurs rôles essentiels dans notre vie quotidienne: la plupart des microbes sont bénéfiques et protègent notre biosphère, une minorité est responsable de maladies.  Les microorganismes sont ubiquitaires et vivent dans des écosystèmes très variés et complexes. Leurs rôles dans les différents écosystèmes et celui de l'homme qui en agissant sur l'environnement influence l'évolution des microorganismes responsables de maladies émergeantes, sont mis en évidence.   - La microbiologie est un domaine très complexe et évolutif.  La connaissance des caractéristiques spécifiques des microorganismes aide à la compréhension du développement de maladies infectieuses et des moyens disponibles pour les contrôler. - Les microbes sont divisés en 4 grands groupes: les virus, les bactéries, les champignons et les parasites.   Les bactéries représentent la forme de vie la plus ancienne, à l'origine de l'évolution des formes de vie que nous connaissons. - La découverte des microorganismes et la caractérisation de leurs structures ont été conditionnées par le développement de la microscopie.  Les principes fondamentaux de la vie microbienne, les caractéristiques des microorganismes, ainsi que leurs interactions avec l'environnement et les autres organismes vivants, en particulier avec l'homme, sont développés.  L'impact des microorganismes sur les différents cycles bio-géochimiques de notre planète est essentiel à toute survie. Dans leur environnement les microorganismes interagissent entre eux modulant positivement ou négativement leur développement.  La plasticité de leur génome leur permet des échanges horizontaux entre espèces, caractéristique à l'origine de l'évolution mais aussi de l'émergence de variants plus virulents ou plus résistants.  Les bactéries possèdent des structures cellulaires uniques qui peuvent devenir la cible d'agents antimicrobiens ou des facteurs d'identification et de stimulation d'une réponse immunitaire.  - Les interactions entre les microbes et l'homme sont complexes: d'une simple colonisation transitoire à l'établissement d'une relation symbiotique à long terme, avec parfois la déclaration d'une maladie.  L'issue de ces relations dépend de la virulence des microorganismes, du site exposé et de la capacité de l'homme à se défendre contre les microorganismes. Le rôle des microorganismes opportunistes est évoqué. Une variété d'agents antimicrobiens peut inhiber le développement des microorganismes ou les éliminer, mais avec l'utilisation d'agents antimicrobiens, l'homme induit aussi une pression sélective favorable aux bactéries qui ont développé des mécanismes de résistance.  - Les différentes approches du contrôle et prévention des maladies infectieuses sont décrites: l'amélioration de l'hygiène, l'accessibilité à l'eau potable, l'utilisation d'agents antimicrobiens, l'immunoprophylaxie, la stérilisation, l'usage d'agents antiseptiques et désinfectants. - Dans une seconde partie du cours, les caractéristiques et propriétés des levures et champignons sont exposés, ainsi que celles des protozoaires et des helminthes.  Les différents types de cycles parasitaires sont décrits et des illustrations y sont associées. - Les travaux pratiques introduisent les notions de biosécurité, les règles incontournables de l'hygiène comme le lavage des mains et les techniques de base utilisées en microbiologie.
Table des matières - Introduction (P.Melin) - Un peu d'histoire (P.Melin) - Le monde microbien (P.Melin) - Les bactéries, cellules procaryotes (P.Melin) - Les aspects bénéfiques des microbes (P.Melin) - Concepts de maladie infectieuse et cycle (P.Melin) - Contrôle des maladies infectieuses: prévention et approche thérapeutique (P.Melin) - Les fungi (MP.Hayette) - Les parasites (MP.Hayette)
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement :
Au terme de ce cours et des travaux pratiques, les étudiants seront capables:
  • d'identifier les principaux enjeux des microorganismes sur notre planète (environnement, pathologie infectieuse par ex.)
  • de décrire l'importance mondiale de la mortalité et de l'évolution des maladies infectieuses
  • de présenter quelques étapes clés dans l'histoire de la microbiologie
  • de décrire les différents types de microorganismes et leurs caractéristiques
  • de résumer les caractéristiques de croissance des bactéries et de l'importance des biofilms
  • de décrire le matériel génétique des bactéries, les grands principes de modification de celui-ci et de nouvelles acquisitions
  • de décrire les principaux aspects bénéfiques des microbes
  • de comprendre et d'expliquer les relations hôte-microorganismes pouvant conduire à la maladie
  • de lister et de décrire brièvement les principaux facteurs de pathogénicité
  • d'expliquer les différents modes de transmission des agents infectieux
  • de comprendre et de résumer des moyens de défenses et de prévention disponibles contre l'agression par des microorganismes. Sécurité de la chaine alimentaire / eau potable / vaccination / stérilisation-désinfection / antibiotiques
  • de restituer et de décrire brièvement les modes d'action des antibiotiques et mécanismes de résistance
  • de décrire des méthodes et moyens de détection et d'identification des microorganismes utilisées dans les laboratoires.
  • dans la poursuite de son cursus d'intégrer des notions abordées plus spécifiques concernant les maladies infectieuses, leur diagnostic, leur pathogenèse, leurs contrôle et prévention
 
Savoirs et compétences prérequis :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme.
 
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
Ce cours repose principalement sur des cours magistraux.  Il est structuré en plusieurs chapitres ordonnés pour assurer une compréhension progressive et logique des contenus.
Les étudiants sont invités à poser leurs questions après les séances de cours ou par email en mentionnant leur section.
Pour illustrer et développer certaines matières enseignées, des travaux pratiques sont organisés. La présence au laboratoire est OBLIGATOIRE.  Toute absence devra être justifiée par un certificat médical en bonne et due forme.  Pour des raisons de sécurité, le port d'une blouse de laboratoire est exigé; pour la manipulation de matériel biologique des gants à jeter seront mis à disposition. 
Une interrogation sous forme de QCM est organisée à la fin des séances de travaux pratiques.  La cote de cette interrogation intervient dans la cote de première session.
Cet enseignement et travaux pratiques s'adressant à de futurs professionnels de la santé, les exercices et démonstrations se rapportent  à la microbiologie clinique et introduisent ainsi la notion des missions d'un laboratoire de microbiologie dans le diagnostic et le contrôle des agents infectieux. 
Lors des séances de travaux pratiques, les activités réalisées familiarisent aussi l'étudiant avec les considérations de base de la biosécurité, avec les règles incontournables de l'hygiène comme le lavage des mains et, avec les techniques de base utilisées en microbiologie. 
 
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
Cours ex-cathedra présentiel et travaux pratiques Participation de 2 personnes pour l'enseignement:
  • Prof. P. Melin
  • Prof. MP. Hayette
Les travaux pratiques sont organisés par groupes d'étudiants et sont encadrés par Julie Descy, pharmacien spécialiste en biologie clinique et microbiologie clinique.
Les diaporama des cours théoriques et le manuel des travaux pratiques sont en ligne et accessibles via "my ULg". De même pour les syllabus se rapportant au cours de MP Hayette.
 
 
 
 
 
 
 
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
Les diaporama des cours théoriques ainsi que les notes de travaux pratiques, publiés en ligne et accessibles aux étudiants des sections et année concernées par le cours sont obligatoires.
Les livres suivants sont des références qui peuvent aider les étudiants : apport d'une meilleure compréhension, développement d'un sujet d'intéret:
  • MEDICAL MICROBIOLOGY, Mims C. et al, 5th Ed.,2012, Elsevier
  • INTRODUCION A LA MICROBIOLOGIE, Tortora G.J. et al, 2nd Ed., 2012, ERPI, Editions du Renouveau Pédagogique Inc.
  • BROCK BIOLOGY OF MICROORGANISMS, MT Madigan et al, 14th Ed, 2014,Pearson
  • THE MICROBIAL CHALLENGE, Krasner R., 2002, Ed. ASM PRESS
  • MICROBIOLOGIE, Prescott, Willey JM et al, Traduction de la 8ème Ed,2013, Ed.De Boeck Université
Site web recommandé: http://www.microbes-edu.org/
Modalités d'évaluation et critères :
- Examen écrit en session de janvier et de septembre comportant deux questions ouvertes courtes (QROC) et des questions à choix multiples (QCM).
- Une évaluation des travaux pratiques se fait à la fin de la dernière séance de travaux pratiques de chaque groupe.  Il s'agit de questions à choix multiples (QCM) et peut comporter une ou des questions ouvertes courtes (QROC).  La cote intervient pour 10% de l'évaluation uniquement pour la session de janvier.
Stage(s) :
Possibilités de postes d'élève-moniteur pour des étudiants motivés de master.  Leur charge est l'encadrement des étudiants aux travaux pratiques de microbiologie générale et de microbiologie médicale (horaire à définir). Conditions : avoir faits de bons examens en microbiologie générale et médicale (théorie et pratique); avoir de bons résultats globaux (grades); motivation.
Remarques organisationnelles :
Pour les travaux pratiques,
  • la coordination est assurée par Madame Julie Descy du service de microbiologie clinique du CHU de Liège.
  • La participation aux travaux pratiques est OBLIGATOIRE.
  • L'accès aux travaux pratiques est interdit aux étudiants ne portant pas de blouse de laboratoire.
  • les changements de groupes ne seront autorisés que de manière exceptionnelle dans la mesure des possibilités.
     
Contacts :
Service de Microbiologie clinique CHU de Liège, B-23 Sart Tilman, 4000 LIEGE Belgique
Secrétariat Pour tout contact ou rendez-vous, s'adresser à la secrétaire Madame MC Lhôte
Enseignants
Pierrette Melin
Marie-Pierre Hayette
 
Travaux pratiques
Julie Descy



 
Notes en ligne :
manuel des TP
le syllabus des travaux pratiques reprend les méthodologies utilisées pour l'étude des bactéries,  levures, virus. Il décrit les réactions sérologiques et les principes de biologie moléculaire appliqués au diagnostc microbiologique.
Microbiologie générale Diaporama P. Melin 2016
diaporama cours théorique de P. Melin
Mycologie générale (MP Hayette)
Diaporama
Parasitologie générale (MP Hayette)
Diaporama. 

"Ces notes ont pour seule vocation d'être utilisées par les étudiants dans le cadre de leur cursus au sein de l'Université de Liège. Aucun autre usage ni diffusion n'est autorisé, sous peine de constituer une violation de la Loi du 30 juin 1994 relative au droit d'auteur"
Syllabus mycologie générale (MP Hayette)
Syllabus
Syllabus parasitologie générale (MP Hayette)
Syllabus