Programme des cours 2016-2017
CHIM0715-1  
Génoprotéomique appliquée
Durée :
60h Th, 4h EXCU, 8h SEM
Nombre de crédits :
Master en bioingénieur sciences agronomiques, à finalité6
Master en bioingénieur : chimie et bioindustries, à finalité6
Nom du professeur :
Benjamin G. Dewals, Patrick Fickers, Laurent Gillet, Laurence Lins, Sébastien Massart, Micheline Vandenbol, Alain Vanderplasschen, Hervé Vanderschuren, Luc Willems
Coordinateur(s) :
Patrick Fickers
Langue(s) de l'unité d'enseignement :
Langue française
Organisation et évaluation :
Enseignement au deuxième quadrimestre
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement :
Ce cours est axé sur les approches moléculaires actuellement développées par un bioingénieur dans l'étude et la caractérisation cellulaire des procaryotes et des eucaryotes en vue de leur exploitation et valorisation. Ces approches comprennent des aspects génétiques et génomiques, bioinformatiques et protéomiques, ainsi qu'une composante immunologie.
Les notions théoriques seront divisées selon 3 axes majeurs.
1.Méthodes générales de biologie moléculaire
-Développement des outils de la génétique moléculaire, génomique et post-génomique ;
-Notions de recherche biologique en "omic"/"ome";
-Aspects de génétique réverse, transfert de gènes et gènes rapporteurs, double hybride, expression hétérologue ;
-Aspects cultures cellulaires et techniques immunochimiques ;
-Bases de l'analyse bioinformatique des données de séquençage d'ADN/ARN, y compris séquençage NGS ;
-Notions de base de l'analyse bioinformatique des protéines.
2. Organismes modèles : leurs spécificités et utilités
Parmi ces organismes modèles, une priorité sera accordée aux microorganismes, mettant ainsi l'accent sur les aspects bioindustriels du module. Dans l'ordre d'importance :
-La levure Saccharomyces cerevisiae en tant que modèle eucaryote unicellulaire: approches de génétique classique et réverse, génomique et biochimie ; la concertation sera assurée en relation avec certaines parties du premier axe d'enseignement (tranfert de gènes, génétique inverse, double-hybride..., traitement des données bioinformatiques) ;
-Un modèle procaryote, tel Bacillus sp, et les levures non conventionnelles. Les bactériophages seront également abordés en relation avec l'utilisation industrielle des bactéries ;
-La métagénomique d'organismes procaryotes et eucaryotes de type fongique sera également abordée dans des écosystèmes d'intérêt agronomique, environnementaux et gastro-intestinal ;
-Un intérêt sera également porté aux végétaux. Dans le système plante, les particularités de celles-ci seront évoquées avec le modèle Arabidopsis thaliana ;
-D'autres modèles d'intérêt biologique seront traités sous forme de séminaires de la part d'orateurs invités : algues monocellulaires, nématodes, poisson zèbre, souris, vache, etc...
3. Immunologie depuis la souris jusqu'à l'homme
Les principes fondamentaux de fonctionnement du système immunitaire seront abordés : immunité innée, immunité spécifique, anticorps, cytokines et autres composantes humorales, interactions observées entre tous ces éléments et mécanismes d'activation du système.
L'accent sera mis sur les applications de cette science dans les domaines d'activité du bioingénieur :
-Le diagnostic immunochimique
-La vaccinologie
-L'immunobiologie, e.a. la relation hôte-immunité-microbiote intestinal.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement :
Objectifs d'apprentissage
Aborder de manière essentiellement théorique toutes les approches moléculaires actuellement développées par un bioingénieur dans l'étude et la caractérisation cellulaire des procaryotes et des eucaryotes en vue de leur exploitation et valorisation. Ces approches comprennent des aspects génétiques et génomiques, biochimiques, bioinformatiques, transcriptomiques et protéomiques, avec une composante immunologie.
Les aspects pratiques de ces notions seront envisagés entièrement dans un module à option de Master II - "Du gène à la protéine".
Compétences visées
A l'issue de ce module multidisciplinaire, les étudiants doivent être capables d'intégrer toutes les approches moléculaires dans des problèmes biologiques complexes relevant des sciences agronomiques et de l'ingénierie biologique.
Savoirs et compétences prérequis :
BIOL 2015 - Biologie moléculaire
BIOL 2010-1 - Biologie cellulaire
BIOL 2013-2 - Microbiologie générale
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
L'apprentissage des notions se fera essentiellement sous forme de cours magistraux. Ceux-ci seront illustrés, soit par des vidéos illustrant certains thèmes, soit par des séminaires d'experts invités pour certains aspects théoriques ou certains modèles choisis.
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
Cours magistral : 60 h ; Séminaires : 8 h ;
Visite du centre de recherche GIGA-ULg : 4h
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
- Notes de cours et publications de la littérature récente. PowerPoint déposés sur MyULg.
Modalités d'évaluation et critères :
Examen écrit
Stage(s) :
Remarques organisationnelles :
Contacts :
Professeur Micheline Vandenbol
Microbiologie et Génomique
081/622353  m.vandenbol@ulg.ac.be
Notes en ligne :
Bioinformatique
cours 1
bioinformatique 2
cours 2
Fichiers_pour_blast
Fichier pour blast
Génoprotéomique appliquée
Plan du cours - M. Vandenbol

PowerPoint du cours - M. Vandenbol

Horaire des différents intervenants
PLANT IMMUNITY 1
IMMUNITE VEGETALE
PLANT IMMUNITY 2
Immunité végétale