Programme des cours 2015-2016
INFO2053-1  
Introduction à la programmation sous Linux - Partim B
Durée :
10h Th, 30h TD
Nombre de crédits :
Master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité 4
Master en biochimie et biologie moléculaire et cellulaire, à finalité 4
Nom du professeur :
Denis Baurain
Langue(s) du cours :
Langue française
Organisation et évaluation :
Enseignement au deuxième quadrimestre
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus du cours :
1. Linux
  • environnement UNIX (Bio-Linux)
  • fichiers en mode texte et formats de fichiers
  • propriétés de la ligne de commande (jokers, variables, boucles, historique...)
  • interpréteur de commandes bash
2. Perl
  • Perl basique et Modern Perl
  • Perl orienté objet avec Moose
  • Perl pour la bioinformatique (Bioperl, Ensembl Perl API)
3. autres technologies libres
  • LaTeX (XeTeX) et associés
  • programmation web (HTML/CSS et PHP)
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
Ce cours est le premier de trois cours -- "Introduction à la programmation sous Linux" [INFO0097-2], "Introduction aux bases de données pour la biologie" [INFO0099-2], "Introduction aux algorithmes pour la bioinformatique" [INFO0094-3] -- dispensés par le même enseignant dans le cadre de la finalité spécialisée en bioinformatique du M2-BBMC. Le cours "Introduction à l'analyse de données biologiques" [INFO0115-2] du Prof. Patrick Meyer participe aux mêmes buts. A l'issue de cette série de cours, les étudiants seront capables d'utiliser l'ordinateur comme un instrument scientifique. Plus spécifiquement, ils auront été formés aux objectifs suivants : 1. Design expérimental
  • comment choisir les contrôles adéquats
  • comment raisonner dans un cadre statistique
2. Réalisation des expériences
  • comment lancer de grandes séries d'analyses
  • comment exploiter la puissance des grilles de calcul
3. Interprétation des résultats
  • comment automatiser l'analyse des fichiers de sortie
  • comment générer des graphes informatifs mais jolis
  • comment tirer des conclusions statistiquement fondées
4. Documentation et archivage
  • comment documenter les protocoles expérimentaux
  • comment réorganiser une série d'analyses a posteriori
  • comment gérer les multiples versions des jeux de données, des programmes utilisés et des résultats générés
Savoirs et compétences prérequis :
Ce cours fait partie d'une finalité spécialisée en bioinformatique. S'il ne suppose aucune connaissance particulière en informatique, il s'appuie néanmoins sur les cours de Génomique [GENE0003-1] et de Bioinformatique [BIOL0008-1] du M1-BBMC.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
  • mini-exposés théoriques
  • défis à résoudre
  • travaux pratiques sur ordinateur
  • autoformation (manuels et tutoriels en ligne)
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
Ce cours est partiellement en présentiel, mais son approche par problèmes nécessitera du travail en dehors de la salle de classe.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
Modalités d'évaluation et critères :
L'évaluation de ce cours se basera à la fois sur le travail réalisé pendant l'année académique et sur le développement d'un projet personnel, en principe distinct du mémoire de Master.
Stage(s) :
Remarques organisationnelles :
La prise de notes sur un ordinateur portable ou une tablette est autorisée. Les étudiants sont néanmoins encouragés à ne pas "surfer" ni "chatter" au cours.
Contacts :
Prof. Denis Baurain Institut de Botanique B22 (P70) denis.baurain@ulg.ac.be
Assistant: Dr. Damien Sirjacobs Institut de Botanique B22 (P70) 04/366.38.54 D.Sirjacobs@ulg.ac.be