Programme des cours 2015-2016
GBIO0030-1  
Computational approaches to statistical genetics
Durée :
25h Th, 15h Pr, 35h Proj.
Nombre de crédits :
Master en ingénieur civil biomédical, à finalité5
Master en ingénieur civil biomédical, à finalité5
Master en ingénieur civil en informatique, à finalité 5
Master en ingénieur civil en informatique, à finalité 5
Master en sciences informatiques, à finalité5
Master en sciences informatiques, à finalité5
Nom du professeur :
Kristel Van Steen
Langue(s) du cours :
Langue anglaise
Organisation et évaluation :
Enseignement au deuxième quadrimestre
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus du cours :
Dans ce cours, nous nous concentrerons sur "des interactions statistiques aux interactions biologiques". Ce cours n'a pas un format classique mais sera basé sur des projets, incluant des périodes en face-à-face pour donner les informations générales théoriques et pratiques. La partie théorique couvrira les sujets suivants :
  • Les interactions biologiques (quoi, pourquoi, comment)
  • Les interactions statistiques (quoi, pourquoi, comment)
  • Combler le fossé entre les deux (quoi, pourquoi, comment)
 
Le contenu du cours peut être adapté pendant l'année, en function des besoins des étudiants.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
Les aspects suivants  d'un pipeline d'analyse constituent le résultat de l'apprentissage 1) le nettoyage de données (contrôle qualité), 2) la sélection d'un outil approprié et son implémentation correcte, 3) la compréhension des avantages et des inconvénients de l'outil choisi, 4) la saisir  contexte de l'analyse, 5) être capable d'interpréter convenablement les résultats d'analyse.
Savoirs et compétences prérequis :
Un bagage en biomédecine ou informatique est utile.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
Le cours est dirigé par un projet: les missions sont données de telle manière que, toutes ensembles, elles constituent un projet. Environ 4 sessions théoriques sont organisées, pendant lesquelles les aspects généraux liés au projet sont expliqués (voir "contenu du cours"). Des sessions intermédiaires peuvent être organisées pour aider les étudiants dans leur travail pratique (sur demande).
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
Face à face.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
Il n'y a pas de livre obligatoire. Des références utiles seront données au fur et à mesure de la progression du cours.
Toute la matière du cours se trouve sur les sites http://www.montefiore.ulg.ac.be/~kvansteen/ (théorique)
http://www.montefiore.ulg.ac.be/~chaichoompu/CK/?Courses (pratique)
 
 
Modalités d'évaluation et critères :
Les étudiants sont évalués sur le projet, la défense de celui-ci constitue l'examen oral. Ceci vaut pour les deux sessions d'examens. (i.e., en juin et en août). Les critères d'évaluation sont 1) la clarté du travail présenté (slides / rapport), 2) la précision, 3) l'originalité et l'information (avec liens vers les notes du cours théorique), 4) aptitudes à présenter, et 5) compréhension générale (évaluée via questions-réponses pendant la présentation du projet).
Stage(s) :
Remarques organisationnelles :
Langue du cours: Anglais
Le cours a lieu lors du second semestre.  L'agenda détaillé et les communications sont disponibles sur le site web du cours.
Examen oral en juin.
Contacts :
Kristel Van Steen - e-mail kristel.vansteen@ulg.ac.be
Assistant: Kridsadakorn Chaichoompu -  e-mail kridsadakorn.cha@gmail.com
Mode de contact préféré: e-mail (inclure GBIO0030 dans le titre) ou contact personnel, après un cours ou sur rendez-vous.