Programme des cours 2015-2016
GBIO0016-1  
Introduction to systems and synthetic biology
Durée :
30h Th, 30h Pr
Nombre de crédits :
Master en bioinformatique et modélisation, à finalité 5
Master en bioinformatique et modélisation, à finalité 5
Nom du professeur :
Frank Delvigne, Bernard Joris
Langue(s) du cours :
Langue anglaise
Organisation et évaluation :
Enseignement au deuxième quadrimestre
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus du cours :
Ce cours couvrira une introduction à la biologie systémique et synthétique.
La partie de l'introduction à la biologie systémique traitera en particulier l'émergence de propriétés de systèmes dynamiques biologiques telle que la robustesse, la performance, la complexité et l'optimalité.
Les thématiques de la partie théorique sur la biologie synthetique sont :
  • historique de la biologie synthétique
  • outils et approches de la biologie synthétique
  • séquençages ADN, fabrication d'ADN (« briques élémentaires »)
  • modélisation mathématique
  • mesures (microscopie, cryométrie de flux)
  • Design de voies métabolique « sur-mesure »
  • Design de systèmes de régulation
  • Sécurité, aspects sociales et éthiques
Cette partie théorique sera suivie d'un projet de biologie synthétique (modélisation et implémentation dans E. coli).
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
Au terme du cours, l'étudiant maîtrisera les concepts de base de la biologie synthétique. Il sera capable de synthétiser virtuellement ainsi que dans E. coli de simples systèmes synthétiques.
L'utilisation de l'anglais comme langue de cours et de support de cours permet aux étudiants de développer leur compréhension à l'écoute et à la lecture de l'anglais scientifique et technique.
Savoirs et compétences prérequis :
aucun
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
Le cours repose sur des exposés ex-cathedra ainsi que d'un projet de laboratoire, qui nécessitera l'utilisation d'un ordinateur pour simuler des systèmes de réactions biochimique (Matlab ou un programme de simulation de biologie systémique), ainsi que des manipulations biologique / biochimique.
Le cours est enseigné en anglais. Cependant, les étudiants peuvent poser des questions en anglais ou en français.
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
présentiel
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
Ouvrage de référence pour la biologie systémique : Uri Alon « An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits », Chapman & Hall/CRC Mathematical & Computational Biology, 1996.
Modalités d'évaluation et critères :
Rapport détaillé individuel (style publication) sur le projet, (25%) ; examen oral (75%).
La participation aux travaux pratiques (projet) est un prérequis pour l'accès à l'examen final. La cote du projet est valable un an.
Stage(s) :
Remarques organisationnelles :
Le cours est organisé au 2eme quadrimestre à des dates à convenir.
Contacts :
 
Franck DELVIGNE
Chimie et bio-industries  /  Bio-industries  BG1 Bio-industries Passage des Déportés 2 5030 Gembloux Tél 081 622 311 F.Delvigne@ulg.ac.be
Bernard JORIS
Unité de Physiologie et Génétique bactériennes Centre d'Ingénierie des Protéines Institut de Chimie B6a Local 1.50b Tél 04 366 2954 bjoris@ulg.ac.be Secrétariat Fabienne Julémont Tel 04 366 3341