Programme des cours 2015-2016
GBIO0009-1  
Topics in bioinformatics
Durée :
25h Th, 15h Pr, 35h Proj.
Nombre de crédits :
Master en ingénieur civil en informatique, à finalité 5
Master en ingénieur civil en informatique, à finalité 5
Master en sciences informatiques, à finalité5
Master en sciences informatiques, à finalité5
Master en bioinformatique et modélisation, à finalité 6
Nom du professeur :
Kristel Van Steen
Langue(s) du cours :
Langue anglaise
Organisation et évaluation :
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus du cours :
Dans ce cours, une introduction à la discipline bioinformatique est donnée. Pour ce faire, nous présentons aux étudiants plusieurs modules d'analyses correspondant aux différentes questions de recherche.
 
Les sujets généralement couverts dans ce cours comprennent:
  • La valeur des bases de données bioinformatiques
  • L'exploration des sequences ADN
  • La comparaisn des sequences ADN
  • La phylogénétique
  • La détection d'association pangénomiques par puce SNP
  • L'analyse d'association de séquences ADN
  • L'inférence de réseau de gènes
 
Le contenu du cours peut être adapté au cours de l'année, selon la nécessité de passer plus de temps sur des sous sujets particuliers.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
A la fin du cours, les étudiants ont une idée de ce que la bioinformatique représente en tant que profession. Vu que ce cours est un cours d'introduction, les étudiants seront évalués sur des concepts clés liés à chaque sous-sujet plutôt que d'aller vers une connaissance approfondie de chaque sous domaine.
Savoirs et compétences prérequis :
Le cours exige une bonne connaissance de la biomédecine ou informatique.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
Le cours est basé en partie sur des lectures interactives ex-cathedra et en partie sur des sessions pratiques interactives.  Les sessions d'exercices permettent aux étudiants de se familiariser avec les concepts théoriques introduits pendant les cours théoriques.  Ils préparent les étudiants à réaliser avec succès leurs travaux à domicile. A propos des travaux à domicile, 3 types de travaux sont présentés: 1) basé sur la littérature (i.e. discuter un article lié au sujet du cours); 2) basé sur la programmation (i.e. vise les étudiants avec un fort bagage informatique); 3) style classique (i.e., travail de type questions-réponses). Les étudiants peuvent travaille en groups mais doivent sélectionner au moins 2 types au travers du cours  et au moins un travail basé sur la littérature.  Ces derniers sont présentés et discutés en classe pour clarifier de manière plus approfondie les concepts couverts pendant les sessions de cours théoriques et pratiques.
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
Face à face.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
Etant donné la variété de sujets "hot" qui sont donnés, il n'y a pas un livre unique. Des références utiles seront données au fur et à mesure de la progression du cours. Toute la matière du cours se trouve sur le site: http://www.montefiore.ulg.ac.be/~kbessonov/courses.html
Modalités d'évaluation et critères :
Les étudiants sont évalués via les travaux à domicile et sur base d'un examen écrit lors de la 1ère session.  Au cours de la seconde session, les étudiants seront évalués uniquement via un examen écrit.  L'examen a lieu à livre ouvert et comprend la matière des sessions théoriques et pratiques.
Stage(s) :
Remarques organisationnelles :
Veuillez consulter www.montefiore.ulg.ac.be/~kvansteen/ pour l'information pratique et plus détaillée, y compris des tâches de matériel et de travail de note de cours.
Contacts :
Kristel Van Steen - e-mail kristel.vansteen@ulg.ac.be Assistant: Kyrylo Bessonov -  e-mail kbessonov@ulg.ac.be
Mode de contact préféré: e-mail (indiquer GBIO0009 dans le titre) ou contact personnel, après un cours ou sur rendez-vous