Programme des cours 2015-2016
GBIO0001-1  
Biophysique et biochimie
Durée :
30h Th, 24h Pr, 6h Proj.
Nombre de crédits :
Bachelier en sciences de l'ingénieur, orientation ingénieur civil5
Bachelier en sciences de l'ingénieur, orientation ingénieur civil5
Master en ingénieur civil biomédical, à finalité5
Nom du professeur :
Liesbet Geris
Langue(s) du cours :
Langue française
Organisation et évaluation :
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus du cours :
General : Application des lois basiques de la physique et chimie sur les organismes vivants et leurs différentes composantes.
Contenu détaillé :
Biophysique
  • Echelles de temps et de longueur dans la nature
  • Equilibre mécanique et chimique dans la cellule vivante
  • Les lois de l'entropie
  • Système à deux états : des canaux ioniques aux liaisons coopératives
  • La théorie de la poutre : architecture des cellules et des squelettes
  • L'électrostatique pour les solutions salées
  • Les membranes biologiques : la vie en deux dimensions

Biochimie
  • Structure des protéines
  • Détermination de la structure des macromolécules biologiques par cristallographie.
  • Fonctions des protéines
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
Ce cours tente de fournir aux étudiants un aperçu de la manière dont les outils basiques de la physique, chjmie et des mathématiques peuvent éclairer l'étude de la biologie moléculaire et cellulaire. En se basant sur des exemples clés et des expériences déterminantes de la biologie cellulaire, le cours démontre comment des modèles quantitatifs peuvent aider à peaufiner notre compréhension des données biologiques existantes et peuvent également être utilisés afin d'effectuer des prédictions utiles. De plus, il démontre comment les avancés dans les technologies de l'ingénieur (en se basant sur ces simples concepts physiques) peuvent aider l'avancement de la connaissance dans les sciences du vivant (et chimie biomoleculaire) et dans l'amélioration de la vie.
Savoirs et compétences prérequis :
Des connaissances générales des principes généraux de la physique, la chimie et de la thermodynamique, comme ceux couverts dans les cours de bachelier PHYS2020-1, PHYS2021-1, PHYS2022-1 et CHIM0286-1.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
Biophysique
  • Des sessions d'exercices chaque semaine (devoirs et enseignement en français).
  • petits projet de groupe: présentation des problèmes biologique à résoudre via un modèle
 
Biochimie
  • Exercices de chimie organique appliquée à la matière vivante.
  • Tutorials dédiés à l'utilisation du programme Pymol pour l'observation et l'analyse des structures de macromolécules biologiques. Illustration du cours. Utilisation de la base de données PDB.
  • Résolution d'une structure de protéine in silico.
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
présentiel
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
  • Livre de référence : 'Physical Biology of the Cell » par Rob Phillips, Jane Kondev &amp ; Julie Theriot, Garland Science (ISBN978-0-8153-4163-5). Une copie est disponible à la bibliothèque.
  • "Biochimie générale" Auteur : Jacques-Henry WEIL Editeur : DUNOD Collection : Science sup Année: 07/2009 (11ème édition) - "Crystallography made crystal clear: A guide for users for macromolecular models." Gale Rhodes, Academic Press 2000 - "Introduction to Protein Structure" Carl Branden and John Tooze, Garland Publishing 1999 CD roms : - PS² and Kinemage Supplement to "Introduction to Protein Structure" Carl Branden and John Tooze, Garland Publishing 1999
  • Des transparents détaillés seront disponible aux étudiants par le biais de eCampus.
Modalités d'évaluation et critères :
Examen écrit contenant une partie théorique et une partie d'exercices(sur papier pour la partie Biophysique et sur ordinateur pour la partie Biochimie). La partie biophysique vaut 60% de la note totale, la partie biochimie 40%.  Le score globale est le moyen arithmétique des deux parties.  Si la note d'une des deux parties est =< 7, cette note deviendra la note globale du cours.
 
Pour la partie biophysique il y aura un travail personnel (une présentation écrite et/ou orale d'un sujet biophysique) comptera pour 10% de la note finale.
 
Les questions d'examen seront en français et en anglais, l'étudiant pourra choisir la langue dans laquelle il souhaite répondre aux questions (français ou anglais).
Stage(s) :
Remarques organisationnelles :
contactez l'enseignante pour plus de détails.
Contacts :
Liesbet Geris
tel: 04 366 95 87 liesbet.geris@ulg.ac.be
 
 
Paulette Charlier
tel: 04 366 36 19
paulette.charlier@ulg.ac.be