Programme des cours 2015-2016
BIOL2033-1  
Monitoring de la biodiversité et dynamique des populations
Durée :
20h Th, 24h Pr, 8j T. t.
Nombre de crédits :
Master en biologie des organismes et écologie, à finalité 4
Master en biologie des organismes et écologie, à finalité 4
Nom du professeur :
Johann Delcourt, Mathieu Denoël, Alain Hambuckers, Michaël Ovidio
Coordinateur(s) :
Alain Hambuckers
Langue(s) du cours :
Langue française
Organisation et évaluation :
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus du cours :
Ce cours comprend 4 parties : (1) Monitoring de la biodiversité en milieu terrestre, (2) Analyse de viabilité des populations, (3) Ecologie et conservation des amphibiens et (4) Suivi des populations de poissons d'eau douce
(1) L'échantillonnage de la biodiversité repose sur une connaissance des fondements et des variations théoriques de sa répartition. La réalisation de plans d'échantillonnage appropriés permet de tester correctement ses hypothèses. Les éléments théoriques importants à prendre en compte seront exposés. Un exercice pratique d'échantillonnage calibré des espèces de gastéropodes en milieu forestier sera réalisé. Les données collectées seront utilisées dans le cadre d'un travail dirigé, pour tester la qualité de l'échantillonnage (exhaustivité). Un ensemble de données sera aussi  mis à disposition et utilisé pour mettre en évidence l'effet de facteurs de l'environnement sur la richesse en espèces en utilisant un modèle linéaire généralisé (GLM).
(2) Sur base de recensements de population, de données récoltées lors des suivis sur le long terme d'individus, ou encore de données obtenues par les méthodes de marquage-recapture, il est possible d'obtenir toute une série d'informations précieuses sur la dynamique d'une population. Pour un futur gestionnaire de l'environnement et de la vie sauvage, qu'elle soit animale ou végétale, pouvoir prédire l'état et l'avenir d'une population est une question cruciale : est-elle en bonne santé, est-elle en expansion démographique ou sur le déclin ? Quelle est la probabilité d'extinction d'une population ? Ces questions sont pertinentes face aux prises de décision en matière de conservation : prédire si une population est en danger ou hors danger, estimer son degré d'exploitation, évaluer l'efficacité des mesures prises pour sauver une population menacée ou contrôler une population invasive, choisir quelles sont les populations à sauver en priorité face à des contraintes de temps et d'argent, l'impact des réintroductions. Ces matières seront exposées en alternant théorie et exemples pratiques en utilisant le logiciel R.
(3) Le volet portant sur l'écologie et la conservation des amphibiens se décline entre (a) une présentation de la diversité des espèces d'amphibiens principalement des régions tempérées ; (b) une synthèse de leur particularités biologiques : cycle de vie, démographie et dynamique des populations, diversité intraspécifique (hétérochronie), habitat, régime alimentaire, comportement reproducteur, perception sensorielle, ainsi que des méthodes d'études et d'inventaires et (c) une analyse de leur statut et déclin en fonction des facteurs de risque : modification des habitats, polluants, espèces invasives, maladies émergentes
(4) La partie du cours consacrée aux poissons d'eau douce comprend la participation active à une journée de terrain (inventaire piscicole par pêche électrique) et une journée de travaux dirigés et debriefing théorique. Le travail demandé consiste en l'analyse des données recueillies lors du recensement, en vue de les présenter sous un format scientifique écrit, exploitable par l'administration en charge de la gestion des cours d'eau.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
Volet "Analyses de viabilité des populations":
- Maitriser les concepts de modèles déterministes et stochastiques
- Être capable de prédire l'état actuel et futur d'une population
- Savoir faire des PVAs basées sur les comptages et des matrices populationnelles
- Savoir adapter sa méthode selon le jeu de données disponibles et les contraintes du terrain
- Savoir utiliser les fonctions principales du package {popbio} dans [R]
- Savoir répondre à des questions pratiques dans la gestion de populations naturelles sur base des informations recueillies par les PVAs, émettre des recommandations dans la gestion d'une population
- Maitriser les concepts et les effets de l'autocorrélation temporelle, de la dépendance à la densité, de l'effet Allee et de la stochasticité démographique
- Maitriser le biais induit par les erreurs d'observation et par le degree de détectabilité d'une espèce
- savoir évaluer les effets d'un mode de gestion sur une population
- Développer son esprit critique face aux modélisations
Savoirs et compétences prérequis :
Notions d'écologie
Notions de R et d'analyse statistique multivariée
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
partim 2 (Analyses de viabilité de populations): cours ex-cathedra avec séances d'exercices appliqués intégrées directement dans le cours.
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
Présentiel obligatoire.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
Pour la partim 2 (analyses de la viabilité des populations) : le cours est basé essentiellement sur trois sources (les deux premières sont recommandées sans être obligatoires, la troisième est obligatoire) :
1) Morris WF & Doak DF (2002) Quantitative conservation biology: theory and practice of population viability analysis. Ed. Sinauer, 480 p.
2) Caswell H (2001) Matrix population models: Construction, analysis & interpretation. Ed. Sinauer. 722 p.
3) Package {popbio} dans [R] : document téléchargeable sur le lien :  https://cran.r-project.org/web/packages/popbio/popbio.pdf
 
Modalités d'évaluation et critères :
Partim 2 (Analyses de viabilité des populations): il est demandé à l'étudiant d'appliquer les méthodes vues au cours dans le cadre d'un exercice orienté proposé au cours de l'année et que l'étudiant devra présenter oralement.
Stage(s) :
Une sortie est prévue sur des mares afin de montrer la diversité des espèces d'amphibiens et les méthodes d'échantillonnages
Remarques organisationnelles :
Contacts :
Volet analyses de viabilité des populations
Dr Johann Delcourt
Unité de Biologie du Comportement Institut de Zoologie (Bât. I1) Université de Liège Quai van Beneden 22 4020 Liège
E-mail: Johann.Delcourt@ulg.ac.be
 
Volet amphibiens:
Dr. Mathieu Denoël Unité de Biologie du Comportement Institut de Zoologie (Bât. I1) Université de Liège Quai van Beneden 22 4020 Liège
E-mail: Mathieu.Denoel(Mathieu.Denoel@ulg.ac.be[a]ulg.ac.be )
 
Volet poissons: 
Dr Michaël Ovidio
E-mail: M.Ovidio@ulg.ac.be