Programme des cours 2015-2016
| BIOC9239-1 | ||||||||
| Visualisation et modélisation des protéines | ||||||||
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Durée :
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| 25h Th, 25h Pr | ||||||||
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Nombre de crédits :
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Nom du professeur :
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| Paulette Charlier, Frédéric Kerff, Eric Sauvage | ||||||||
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Langue(s) du cours :
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| Langue française | ||||||||
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Organisation et évaluation :
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| Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier | ||||||||
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Unités d'enseignement prérequises et corequises :
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| Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme | ||||||||
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Contenus du cours :
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| Objectifs et programme : Les objectifs de cette semaine thématique sont d'apporter
1) les outils nécessaires pour la visualisation et l'analyse des macromolécules biologiques, 2) un aperçu des méthodes de modélisation des protéines : modélisation par homologie, modélisation ab initio, protéines et ligands, méthodes de docking, etc... Cette semaine comprend six intervenants sous forme de plusieurs modules:Paulette Charlier : Rappel sur la structure des Protéines (si besoin est...), Introduction à la Protein Data Bank et description d'un fichier PDB, Introduction au programme de visualisation Pymol et TPs sur son utilisation, Laurence Lins : De la séquence à la structure des protéines - analyses des séquences, prédiction des structures secondaires et tertiaires - Modélisation ab initio Eric Sauvage : Modélisation par homologie - Introduction au programme Yasara et TP sur son utilisation Cédric Bauvois : Présentation et description du logiciel deepview et TPs sur son utilisation Johan Wouters : Interactions Protéine- Ligands - Principes du docking - Introduction aux logiciels ReliBase, IsoStar et GOLD Frédéric Kerff : Interactions Protéine- Ligands - Introduction au logiciel AUTODOCK - Introduction aux méthodes de Fragment Base Screening et Virtual Screening. |
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Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
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Savoirs et compétences prérequis :
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Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
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Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
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| Présidentiel | ||||||||
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Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
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| Copie des diaporamas power-point projetés. Références pour livres et logiciels utilisés. | ||||||||
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Modalités d'évaluation et critères :
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| Les étudiants devront choisir un article et le présenter sous forme de séminaire.
Etude d'un cas pratique Les modalités de l'exercice seront définies entre les titulaires et les étudiants. |
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Stage(s) :
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Remarques organisationnelles :
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| 5 jours de 10:00h-13h00 et 14:00h-17h00 | ||||||||
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Contacts :
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| Paulette Charlier, PhD, Chargé de Cours
Cristallographie des macromolécules biologiques, Centre d'Ingénierie des Protéines, Département des Sciences de la Vie, Université de Liège, Institut de Physique, B5a, B-4000 Liège, Belgium
Tel: +32 (0)4 366 36 19
Fax: +32 (0)4 366 49 54
E-mail : paulette.charlier@ulg.ac.be http://www.cip.ulg.ac.be Dr Frédéric Kerff- Tél. 04/366.36.20 - E-mail : fkerff@ulg.ac.be Dr Eric Sauvage - Tél. 04/366.36.20 - E-mail : eric.sauvage@ulg.ac.be Dr Laurence Lins - Tél. 081/622534 - E-mail : L.Lins@ulg.ac.be Prof Johan Wouters - Tél. 081/724 550 - E-mail : johan.wouters@unamur.be Dr Cédric Bauvois - Tél. 02/5273634 - E-mail : Cedric.Bauvois@ulb.ac.be |
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