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| INFO0099-2 | Introduction aux bases de données pour la biologie
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| Durée : | 20h Th, 30h TD |
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| Nombre de crédits : |
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| Nom du professeur : | Denis Baurain |
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Langue(s) du cours :
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| Langue française |
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Organisation et évaluation :
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| Enseignement au deuxième quadrimestre |
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Contenus du cours :
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- raisonnement ensembliste
- le Modèle Entité-Association
- le Modèle Relationnel
- normalisation
- SQL (MySQL)
- fouille de données et traitement analytique en ligne (OLAP)
- bases de données biologiques
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Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
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| Ce cours est le deuxième de trois cours -- "Introduction à la programmation sous Linux" [INFO0097-2], "Introduction aux bases de données pour la biologie" [INFO0099-3], "Introduction aux algorithmes pour la bioinformatique" [INFO0094-3] -- dispensés par le même enseignant dans le cadre de la finalité spécialisée en bioinformatique du M2-BBMC. Le cours "Introduction à l'analyse de données biologiques" [INFO0115-2] du Prof. Patrick Meyer participe aux mêmes buts.
A l'issue de cette série de cours, les étudiants seront capables d'utiliser l'ordinateur comme un instrument scientifique. Plus spécifiquement, ils auront été formés aux objectifs suivants :
1. Design expérimental
- comment choisir les contrôles adéquats
- comment raisonner dans un cadre statistique
2. Réalisation des expériences
- comment lancer de grandes séries d'analyses
- comment exploiter la puissance des grilles de calcul
3. Interprétation des résultats
- comment automatiser l'analyse des fichiers de sortie
- comment générer des graphes informatifs mais jolis
- comment tirer des conclusions statistiquement fondées
4. Documentation et archivage
- comment documenter les protocoles expérimentaux
- comment réorganiser une série d'analyses a posteriori
- comment gérer les multiples versions des jeux de données, des programmes utilisés et des résultats générés
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Prérequis et corequis / Modules de cours optionnels recommandés :
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| Ce cours fait partie d'une finalité spécialisée en bioinformatique. S'il ne suppose aucune connaissance particulière en informatique, il s'appuie néanmoins sur les cours de Génomique [GENE0003-1] et de Bioinformatique [BIOL0008-1] du M1-BBMC. |
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Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
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- mini-exposés théoriques
- défis à résoudre
- travaux pratiques sur ordinateur
- autoformation (manuels et tutoriels en ligne)
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Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
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| Ce cours est partiellement en présentiel, mais son approche par problèmes nécessitera du travail en dehors de la salle de classe. |
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Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
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Modalités d'évaluation et critères :
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| L'évaluation de ce cours se basera à la fois sur le travail réalisé pendant l'année académique et sur le développement d'un projet personnel, en principe distinct du mémoire de Master. |
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Stage(s) :
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Remarques organisationnelles :
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| La prise de notes sur un ordinateur portable ou une tablette est autorisée. Les étudiants sont néanmoins encouragés à ne pas "surfer" ni "chatter" au cours. |
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Contacts :
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| Prof. Denis Baurain
Institut de Botanique B22 (P70)
denis.baurain@ulg.ac.be
Assistant: Dr. Damien Sirjacobs
Institut de Botanique B22 (P70)
04/366.38.54
D.Sirjacobs@ulg.ac.be |
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