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| Version 2013-2014 |
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| CHIM9249-1 | Ecologie microbienne
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| Durée : | 18h Th, 6h Pr |
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| Nombre de crédits : |
| Master en sciences et gestion de l'environnement | | 2 |
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| Master en sciences et gestion de l'environnement, à finalité spécialisée en développement durable, 1re année | | 2 |
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| Master en sciences et gestion de l'environnement, à finalité spécialisée en procédé biologique de valorisation des effluents, 1re année | | 2 |
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| Master en sciences et gestion de l'environnement, à finalité spécialisée en énergies renouvelables, 1re année | | 2 |
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| Master en sciences et gestion de l'environnement, à finalité spécialisée en intervention technique, 1re année | | 2 |
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| Master en sciences et gestion de l'environnement, à finalité spécialisée pays en développement, 1re année | | 2 |
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| Master en sciences et gestion de l'environnement, à finalité spécialisée en gestion intégrée des ressources en eau, 1re année | | 2 |
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| Master en sciences et gestion de l'environnement, à finalité spécialisée en interfaces sociétés-environnements, 1re année | | 2 |
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| Master en sciences et gestion de l'environnement, à finalité spécialisée en surveillance de l'environnement, 1re année | | 2 |
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| Master en sciences et gestion de l'environnement, à finalité spécialisée en procédés biologiques de valorisation des déchets, 1re année | | 2 |
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| Nom du professeur : | Marc Ongena |
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Langue(s) du cours :
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| Langue française |
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Contenus du cours :
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| 1. Différentes échelles abordées en écologie microbienne : de l'écosystème à la cellule microbienne en prenant en compte les aspects moléculaires (1h th)
2. Aspects fondamentaux de l'écologie microbienne (3h th)
2.1. Cellules procaryotes (Gram+ et Gram-) et eucaryotes
2.2. Croissance et viabilité microbienne (accès aux sources nutritives)
2.3. Identification des micro-organismes
2.4. Etats particuliers des micro-organismes dans l'environnement : sources de stress, persistance, biofilm
3. Techniques d'étude des micro-organismes dans l'environnement (4h th)
3.1. Techniques de fluorescence
3.2. Rapporteur/biocapteur
3.3. Microfluidique et microscopie
3.4. Génomique et protéomique (et méta-équivalent)
4. Phénomènes de transport des micro-organismes dans l'environnement (4h th)
4.1. Equations fondamentales
4.2. Transport dans les milieux aquatiques
4.3. Transport dans les sols
5. Comportement des micro-organismes dans les milieux complexes (eau et sol) (2h th)
5.1. Hétérogénéité des populations microbiennes
5.2. Interactions microbiennes
5.3. Structuration spatiale : environnement et micro-environnement
6. Partie pratique (10h Pr)
6.1. Manipulation de micro-organismes : de la population à la cellule individuelle en prenant en compte les mécanismes moléculaires (activation de gènes)
6.2. Elaboration de modèle de transport des micro-organismes dans les eaux et les sols. Cette partie a pour but également de décomplexer les étudiants par rapport à des aspects mathématiques. |
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Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
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| Les objectifs d'apprentissage de ce cours concernent principalement la capacité à élaborer un plan d'expérience afin d'étudier un système complexe (c'est-à-dire dans notre cas des interactions entre divers micro-organismes et l'environnement). Une partie du cours sera donc consacrée à la présentation de techniques expérimentales permettant d'étudier le comportement des micro-organismes dans des milieux aussi diversifiés que les eaux et les sols. |
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Prérequis et corequis / Modules de cours optionnels recommandés :
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| -- AM201 - Microbiologie générale
Les étudiants sont supposés maîtriser les éléments suivants :
- Génétique et métabolisme microbien
- Les différents types cellulaires
- La classification microbienne (celle-ci sera rappelée rapidement)
- La chimie organique et biologique (molécules organiques de base, principe de réaction enzymatique,...)
- Les outils mathématiques de l'ingénieur (algèbre, équations différentielles, régression,...) |
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Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
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Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
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| Cours magistral : 14h
Travaux pratiques : 12h |
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Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
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| L'écologie microbienne est donc une discipline scientifique expérimentale. De nos jours, cette discipline fait l'objet de journaux scientifiques de haut niveau. A titre d'exemples :
- Applied and environmental microbiology (http://aem.asm.org/, accessible en open access)
- Environmental microbiology (http://www.wiley.com/bw/journal.asp?ref=1462-2912, accessible via une licence ULg)
- FEMS microbiology ecology (http://www.wiley.com/bw/journal.asp?ref=0168-6496, accessible via une licence ULg)
- Microbial ecology (http://www.springerlink.com/content/100365/, accessible via une licence ULg)
- The ISME journal, multidisciplinary journal of microbial ecology (http://www.nature.com/ismej/index.html) |
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Modalités d'évaluation et critères :
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| Examen oral (100%) |
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Stage(s) :
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Remarques organisationnelles :
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Contacts :
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| Prof. F. Delvigne
081 62 23 11
F.Delvigne@ulg.ac.be |
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