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| CHIM0624-1 | Structure des macromolécules biologiques (aspects expérimentaux généraux) : partim a
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| Durée : | 20h Th, 10h Pr |
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| Nombre de crédits : |
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| Nom du professeur : | Paulette Charlier, Christian Damblon, Edwin De Pauw |
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| Coordinateur(s) : | Paulette Charlier |
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Langue(s) du cours :
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| Langue française |
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Organisation et évaluation :
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| Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier |
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Contenus du cours :
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| Ce cours a essentiellement pour objet la présentation d'une série de techniques utiles à l'étude de la structure des protéines. Il s'organise autour de trois thèmes: la Cristallographie des rayons-X, la Résonance Magnétique Nucléaire et la Spectrométrie de masse. Chacune de ces parties est divisée en partie théorique et pratique, à peu près d'égale importance.
I- La diffraction des Rayons-X (P. Charlier)
Partie théorique: 1- Rappel général de la technique, 2- les structures d'assemblage macromoléculaire, 3- Les structures de capside virale et de sous-unités ribosomales
Partie pratique: TP sur l'utilisation du programme PYMOL pour l'affichage des macromolécules biologiques.
II- Résonance Magnétique Nucléaire appliquée aux Protéines (C. Damblon)
Partie théorique: 1- Rappel général de la technique, 2- La détermination de structure.
III- La spectrométrie de masse (E. De Pauw) |
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Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
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| Ce cours donne aux futurs bioinformaticiens les bases nécessaires pour comprendre les principes de détermination de structure 3D de protéine par radiocristallographie, résonance magnétique nucléaire et spectrométrie de masse afin de leur permettre de faire une utilisation objective des modèles. Il leur donne un aperçu des pouvoirs et limites de différentes techniques. |
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Prérequis et corequis / Modules de cours optionnels recommandés :
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| Cours de physique de 1er cycle. Connaissances de base en radiocristallographie souhaitable. Bonne connaissance des principes de base des structures de protéines. Cours de biophysique de 1er cycle. |
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Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
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| Tutorials dédiés à l'utilisation du programme Pymol pour l'observation et l'analyse des structures de macromolécules. Utilisation de la base de données PDB. |
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Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
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| A décider de commun accord avec les intervenants du cours. |
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Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
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| Les présentations PowerPoint du cours théorique seront disponibles sur CD ainsi que les notes des travaux pratiques.
Livres recommandés :
- "Crystallography made crystal clear: A guide for users for macromolecular models."
Gale Rhodes, Academic Press 2000
- "Introduction to Protein Structure" Carl Branden and John Tooze, Garland Publishing 1999
CD roms :
- PS² and Kinemage Supplement to "Introduction to Protein Structure" Carl Branden and
John Tooze, Garland Publishing 1999 |
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Modalités d'évaluation et critères :
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| A décider de commun accord avec les intervenants du cours. Probablement sur base d'un article scientifique. |
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Stage(s) :
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Remarques organisationnelles :
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Contacts :
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| Paulette Charlier, PhD, Chargé de CoursCristallographie des macromolécules biologiques, Centre d'Ingénierie des Protéines, Département des Sciences de la Vie, Université de Liège, Institut de Physique, B5a, B-4000 Liège, Belgium
Tel: +32 (0)4 366 36 19
Fax: +32 (0)4 366 49 54
E-mail : Paulette.Charlier@ulg.ac.be
http://www.cip.ulg.ac.be/
DAMBLON Christian
Département de chimie (sciences) / Chimie biologique structurale
Bât. B6 Chimie biologique structurale
allée du 6 Août 3
4000 Liège 1
Belgique
Tél. ULg +32 4 3663788
Fax ULg +32 4 3664577
c.damblon@ulg.ac.be
Prof. De Pauw Edwin, Dean of Chemistry Department
Mass spectrometry Laboratory
CART/GIGAproteomics
Liege University
B4000 Liege Belgium
tel direct line: +3243663415
tel secretary: +3243663414
fax: +3243663413
e.depauw@ulg.ac.be
http://www.mslab.ulg.ac.be/
http://www.giga.ulg.ac.be/ |
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