 | | |
| BIOC9239-1 | Visualisation et modélisation des protéines
|
|
| Durée : | 25h Th, 25h Pr |
|
| Nombre de crédits : |
|
|
| Nom du professeur : | Paulette Charlier, Frédéric Kerff, Eric Sauvage |
|
| Coordinateur(s) : | Paulette Charlier |
|
Langue(s) du cours :
|
| Langue française |
|
Organisation et évaluation :
|
| Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier |
|
Contenus du cours :
|
| Objectifs et programme : Les objectifs de cette semaine thématique sont d'apporter
1) les outils nécessaires pour la visualisation et l'analyse des macromolécules biologiques,
2) un aperçu des méthodes de modélisation des protéines : modélisation par homologie, modélisation ab initio, protéines et ligands, méthodes de docking, etc...
Cette semaine comprend six intervenants sous forme de plusieurs modules:Paulette Charlier : Rappel sur la structure des Protéines (si besoin est...), Introduction à la Protein Data Bank et description d'un fichier PDB, Introduction au programme de visualisation Pymol et TPs sur son utilisation,
Laurence Lins : De la séquence à la structure des protéines - analyses des séquences, prédiction des structures secondaires et tertiaires - Modélisation ab initio
Eric Sauvage : Modélisation par homologie - Introduction au programme Yasara et TP sur son utilisation
Cédric Bauvois : Présentation et description du logiciel deepview et TPs sur son utilisation
Johan Wouters : Interactions Protéine- Ligands - Principes du docking - Introduction aux logiciels ReliBase, IsoStar et GOLD
Frédéric Kerff : Interactions Protéine- Ligands - Introduction au logiciel AUTODOCK - Introduction aux méthodes de Fragment Base Screening et Virtual Screening. |
|
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
|
| |
|
Prérequis et corequis / Modules de cours optionnels recommandés :
|
| |
|
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
|
| |
|
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
|
| Présidentiel |
|
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
|
| Copie des diaporamas power-point projetés. Références pour livres et logiciels utilisés. |
|
Modalités d'évaluation et critères :
|
| Les étudiants devront choisir un article et le présenter sous forme de séminaire.
Etude d'un cas pratique
Les modalités de l'exercice seront définies entre les titulaires et les étudiants. |
|
Stage(s) :
|
| |
|
Remarques organisationnelles :
|
| 5 jours de 10:00h-13h00 et 14:00h-17h00 |
|
Contacts :
|
| Paulette Charlier, PhD, Chargé de Cours
Cristallographie des macromolécules biologiques, Centre d'Ingénierie des Protéines, Département des Sciences de la Vie, Université de Liège, Institut de Physique, B5a, B-4000 Liège, Belgium
Tel: +32 (0)4 366 36 19
Fax: +32 (0)4 366 49 54
E-mail : paulette.charlier@ulg.ac.be
http://www.cip.ulg.ac.be
Dr Frédéric Kerff- Tél. 04/366.36.20 - E-mail : fkerff@ulg.ac.be
Dr Eric Sauvage - Tél. 04/366.36.20 - E-mail : eric.sauvage@ulg.ac.be
Dr Laurence Lins - Tél. 081/622534 - E-mail : L.Lins@ulg.ac.be
Prof Johan Wouters - Tél. 081/724 550 - E-mail : johan.wouters@unamur.be
Dr Cédric Bauvois - Tél. 02/5273634 - E-mail : Cedric.Bauvois@ulb.ac.be |
|
