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| INFO0115-1 | Introduction à l'analyse de données biologiques
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| Durée : | 20h Th, 30h Pr |
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| Nombre de crédits : |
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| Nom du professeur : | Damien Sirjacobs |
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Langue(s) du cours :
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| Langue française |
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Organisation et évaluation :
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| Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier |
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Contenus du cours :
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| Dans différents domaines de la biologie, l'évolution des technologies aboutit à la production de sets de données bruts de plus en plus volumineux. Le cours consistera en une découverte de l'utilisation d'outils informatiques et statistiques adaptés pour l'analyse de sets de données biologiques importants.
Diverses notions seront revues par le biais d'exercices, depuis des notions générales (vecteurs et matrices, tests de normalité, test d'équivalence, exploration et réduction de sets de données multivariées par PCA) jusqu'à la mise en œuvre de solutions complètes d'analyse exigées par des problèmes particuliers comme :
- des expériences d'expression différentielle de gènes révélés par la technique des MicroArrays de type Affimetrix (description, filtration, clustering, analyse statistique, visualisation)
- des questions d'autoécologie et macro-écologie adressées à partir d'analyse d'image et de champs de données.
Concrètement, le cours sera axé sur l'usage du langage R et ses divers paquets logiciels. Selon les progrès ou les besoins des étudiants, le logiciel Octave (version libre de Matlab) pourra également être exploité.
Il n'y aura que très peu de théorie à proprement parler, mais plutôt une série de questions biologiques à résoudre sur ordinateur (individuellement ou par groupe). |
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Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
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| Réflexes et autonomie pratique nécessaires pour pouvoir aborder le traitement et l'analyse de sets de données biologiques complexes avec le logiciel R, depuis la compilation de données à partir de différentes sources jusqu'à la synthèse de résultats statistiques et leur visualisation. Capacité à planifier les différentes étapes d'un processus d'analyse de données.
Ce cours contribuera aux objectifs généraux d'apprentissage définis par le Prof. Denis Baurain pour ses cours "Introduction à la programmation sous Linux" [INFO0097-1], "Introduction aux bases de données pour la biologie" [INFO0099-1], "Introduction aux algorithmes pour la bioinformatique" [INFO0094-2] -- dispensés dans le cadre de la finalité spécialisée en bioinformatique du M2-BBMC. |
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Prérequis et corequis / Modules de cours optionnels recommandés :
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| Les étudiants sont invités à revoir les bases qu'ils auraient déjà acquises dans les domaines suivants : statistique, génomique, bioinformatique, analyse d'image et programmation (si possible). |
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Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
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| Mini-exposés théoriques, démonstrations et exercices pas à pas, travaux pratiques sur ordinateur avec défis à résoudre et exercices autonomes, autoformation (manuels et tutoriels en ligne). |
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Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
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| Ce cours est partiellement en présentiel, mais son approche par problèmes nécessitera du travail en dehors de la salle de classe, ainsi que la constitution d'un petit rapport. |
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Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
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Modalités d'évaluation et critères :
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| L'évaluation de ce cours se basera à la fois sur la participation active et la progression réalisée pendant les séances en présentiel (30%), sur la qualité d'un rapport final (30%) et sur un examen oral (40%). |
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Stage(s) :
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Remarques organisationnelles :
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| L'emploi d'un ordinateur portable est nécessaire à toutes les séances pour le suivi de démonstrations et la réalisation d'exercices de programmation personnels. |
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Contacts :
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| Dr. Damien Sirjacobs
Institut de Botanique B22 (P70)
04/366.38.54
D.Sirjacobs@ulg.ac.be |
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