 | | |
| BIOC0715-1 | Structure et fonction des protéines
|
|
| Durée : | 25h Th, 25h Pr |
|
| Nombre de crédits : |
|
|
| Nom du professeur : | Paulette Charlier, Mireille Dumoulin |
|
| Coordinateur(s) : | Paulette Charlier |
|
Langue(s) du cours :
|
| Langue française |
|
Contenus du cours :
|
| Ce cours a essentiellement pour objet la présentation d'une série de techniques utiles à l'étude de la structure et la stabilité des protéines. Il s'organise autour de trois thèmes: la diffraction des rayons-X et ses diverses applications, les fibres amyloïdes dans différents contextes et la Résonance Magnétique Nucléaire appliquée aux Protéines. Chacune de ces parties est divisée en partie théorique et pratique, à peu près d'égale importance.
I- Ce qu'apportent les techniques de diffraction des Rayons-X (P. Charlier)
Partie théorique: 1- Rappel général de la technique, 2- Les structures à très haute résolution, 3- La diffraction neutronique, 4- La diffraction de Laue, 5- La diffraction de fibres, 6- Ce qu'apportent les structures d'assemblage macromoléculaire, 7- Les structures de capside virale et de sous-unités ribosomales
Partie pratique: TP sur l'utilisation du programme d'affichage des macromolécules PYMOL
Visite labo et démonstration de diffraction de monocristaux et de fibres amyloïdes
II - Les fibres amyloïdes (M. Dumoulin)
Partie théorique: 1- Repliement des protéines sous forme de fibres amyloïdes, 2- Fibres amyloïdes et maladies dégénératives, 3- Fibres amyloïdes naturellement fonctionnelles, 4- Fibres amyloïdes et nanotechnologies.
Partie pratique: La partie pratique se déroule en deux temps. Tout d'abord les propriétés structurales et de stabilité de différentes protéines de structures connues seront étudiées. Dans un deuxième temps, il s'agira d'identifier, sur bases des résultats obtenus, la nature de 3 échantillons protéiques inconnus. Les techniques utilisées sont : l'absorbance, la spectroscopie de fluorescence, le dichroïsme circulaire et la microscopie électronique.
III- Résonance Magnétique Nucléaire appliquée aux Protéines (C. Damblon)
Partie théorique: 1- Rappel général de la technique, 2, La détermination de structure, 3- Interactions protéine-ligand
Partie pratique: Prise de spectre sur un spectromètre à 500MHz |
|
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) du cours :
|
| Ce cours donne aux futurs biochimistes les bases nécessaires pour comprendre les principes de détermination de structure 3D de protéine par radiocristallographie et résonance magnétique nucléaire afin de leur permettre de faire une utilisation objective des modèles. Il leur donne un aperçu des pouvoirs et limites de différentes techniques de radiocristallographie et RMN. En outre, il leur donne également le descriptif des nombreuses techniques spectroscopiques (absorbance, fluorescence, dichroïsme circulaire) pour l'étude de la stabilité des protéines. |
|
Prérequis et corequis / Modules de cours optionnels recommandés :
|
| Cours de physique de 1er cycle. Connaissances de base en radiocristallographie souhaitable. Bonne connaissance des principes de base des structures de protéines. Cours de biophysique de 1er cycle. |
|
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
|
| Tutorials dédiés à l'utilisation du programme Pymol pour l'observation et l'analyse des structures de macromolécules. Utilisation de la base de données PDB.
Travaux pratiques dédiés à l'étude de la structure et la stabilité des protéines par une séries de techniques dont l'absorbance, la fluorescence, le dichroisme circulaire, la microscopie électronique et la RMN. |
|
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
|
| Une semaine thématique durant le 1° quadrimestre. |
|
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
|
| Les présentations PowerPoint du cours théorique seront disponibles sur CD ainsi que les notes des travaux pratiques.
Livres recommandés :
- "Crystallography made crystal clear: A guide for users for macromolecular models."
Gale Rhodes, Academic Press 2000
- "Introduction to Protein Structure" Carl Branden and John Tooze, Garland Publishing 1999
CD roms :
- PS² and Kinemage Supplement to "Introduction to Protein Structure" Carl Branden and
John Tooze, Garland Publishing 1999 |
|
Modalités d'évaluation et critères :
|
| A décider de commun accord avec les intervenants du cours. Probablement sur base d'un article scientifique. |
|
Contacts :
|
| Paulette Charlier, PhD, Chargé de Cours
Cristallographie des macromolécules biologiques, Centre d'Ingénierie des Protéines, Département des Sciences de la Vie, Université de Liège, Institut de Physique, B5a, B-4000 Liège, Belgium
Tel: +32 (0)4 366 36 19
Fax: +32 (0)4 366 49 54 E-mail : Paulette.Charlier@ulg.ac.be
http://www.cip.ulg.ac.be/
Dr Mireille DUMOULIN
Enzymologie et Repliement des Protéines - CIP, Institut de Chimie, Bât. B6c - Sart-Tilman, 4000 Liège
Tél. 04/366.35.46 - Fax 04/366.33.64
E-mail : mdumoulin@ulg.ac.be |
|
|
| |
