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| MICR0711-1 | Microbiologie
- Partim 1 : Algologie et mycologie
- Partim 2 : Bactériologie
- Partim 3 : Virologie
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| Durée : | Partim 1 : Algologie et mycologie : 20h Th, 10h Pr
Partim 2 : Bactériologie : 20h Th, 10h Pr
Partim 3 : Virologie : 20h Th, 10h Pr
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| Crédits/ECTS : |
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| Titulaire(s) : | Partim 1 : Algologie et mycologie : Vincent Demoulin
Partim 2 : Bactériologie : Bernard Joris
Partim 3 : Virologie : Jacques Piette
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| Langue : | Langue française |
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| Aperçu général : |
 | | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Un premier cours expose les caractères biochimiques et ultrastructuraux dont la variation au sein des grands groupes d'algues et de champignons fait que sous une morphologie souvent simple ces organismes montrent une bien plus grande diversité d'organisation cellulaire que les animaux ou les végétaux supérieurs.
Un cours est consacré aux algues bleues que leur structure procaryotique met dans une position particulière ("cyanobactéries") mais dont le rôle écologique est similaire à celui des autres algues. Principaux thèmes : rôle dans les écosystèmes actuels, fixation de l'azote, toxines.
Quatre cours sont consacrés aux algues eucaryotiques, surtout les algues rouges, brunes et vertes ainsi que les principales algues planctoniques (dinoflagellés, diatomées...). Principaux thèmes : évolution des eucaryotes (origine, perte ou gain des chloroplastes, origine des plantes supérieures), rôle écologique et économique (mucilages) des algues benthiques, production primaire, rôle trophique et blooms toxiques chez les groupes planctoniques, symbioses des dinoflagellés...
Quatre cours sont consacrés à l'introduction au mode de vie des champignons et au principal groupe, les ascomycètes. Parmi ceux-ci une insistance particulière est mise sur les levures comme outil technologique et scientifique (petit génome complètement séquencé, transformations, fermentations). Autres thèmes : les parasites et les symbiontes (lichens), les mycotoxines et les antibiotiques.
Deux cours sont consacrés aux basidiomycètes en insistant sur leur rôle en tant que symbiontes mycorhiziens ou que destructeurs du bois (rôle écologique, nuisance pour le bois d'oeuvre, potentialité biotechnologique de la capacité de métaboliser la lignine).
Un cours est consacré aux autres champignons en insistant sur les Mucorales (moisissures) et les Glomales (endomycorhizes), les mildious (role économique et historique) et Dictyostelium (outil de la biologie moléculaire).
Les travaux pratiques sont basés sur la récolte dans les environs de l'Institut de Botanique de champignons qui sont ensuite observés au laboratoire. Des essais de mise en culture sont effectués. Il en va de même pour les algues qui sont récoltées dans l'étang de l'institut et également observées en culture.
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| | Partim 3 : Virologie |
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| Chapitre I : Les bases de la virologie
Chapitre II : Les différents cycles infectieux
Chapitre III : Les différentes étapes du cycle infectieux productif
Chapitre IV : Les origines possibles de la latence et de la persistance en relation avec certaines pathologies
Chapiter V : Comment peut-on classifier les virus : la classification selon Baltimore
Chapitre VI : Les virus de la classe V : les orthomyxoviridae; les paramyxoviridae; les rhabdoviridae.
Chapitre VII : Les virus de la classe IV : les picornaviridae; les togaviridae; les flaviviridae; les coronaviridae.
Chapitre VIII : Les virus de la classe III : les réoviridae.
Chapitre IX : Les virus de la classe I : les virus de l'Herpès; les papovaviridae; les adénoviridae; les poxviridae.
Chapitre X : Les virus de la classe II : les parvoviridae; les bactériophages FX174 et M13
Chapitre XI : Les virus de la classe VI : Les Rétroviridae; les lentivirus et les HIV
Chapitre XII : Les virus de la classe VI : les hepdnaviridae; le virus de l'hépatite B
Chapitre XIII : Les virus échappent aux systèmes immunitaires par différentes stratégies. |
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| Objectif du cours : |
| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| L'objectif est de familiariser les étudiants avec les principaux organismes de type algues et champignons qui présentent un intérêt pour la biologie générale, soit par les particularités de leur morphologie, ultrastructure ou biochimie, soit par leur rôle écologique, leur position phylogénétique ou leur impact économique.
En définissant le mode de vie (particularités écologiques et physiologiques) et la position évolutive des organismes étudiés, l'accent est mis sur les avantages et les inconvénients qu'ils présentent comme matériel expérimental, outil biotechnologique ou indicateurs de la qualité du milieu. |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Obtenir une vue générale de la diversité du monde des virus et de la complexité des interactions entre les virus et leurs hôtes. Aider à la compréhension de la réponse immunitaire mise en œuvre par le corps humain afin de lutter contre les infections virales. |
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| Pré-requis : |
| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Un minimum de connaissances de biologie générale et de biochimie. |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Aucun. |
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| Travaux pratiques : |
| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Les travaux pratiques comprennent 4 demi-journées (algues 2, champignons 2) dans les laboratoires du niveau -1 de l'Institut de Botanique B.22 au Sart Tilman. Le matériel frais est récolté aux alentours du bâtiment, situé près de la forêt, en début de séance. Certaines manipulations des travaux pratiques seront communes avec le cours de bactériologie. |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Travaux pratiques intégrés avec la matière d'immunologie |
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| Organisation : |
| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Il est important d'assister au cours car celui-ci s'appuie sur la présentation d'un grand nombre d'illustrations originales.
Pour les travaux pratiques se munir de papier A4, crayon et gomme et d'une loupe 10 à 15x. |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Séances de 1h30. |
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| Notes de cours : |
| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Des notes complètes ("Les champignons, notions de base" par G. Castillo et V. Demoulin et "Utilisation biotechnologique des champignons" par V. Demoulin) sont disponibles pour ce qui concerne les champignons. Des notes partielles le sont pour les algues.
Divers ouvrages sont présentés pour l'information des étudiants intéressés par des renseignements complémentaires, ou afin de connaître les sources qui peuvent être utiles dans l'avenir, mais leur consultation n'est pas nécessaire à la compréhension du cours.
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| | Partim 3 : Virologie |
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| Pas de notes de cours mais mise à la disposition des étudiants des diapositives montrées durant les leçons.
Ouvrages de référence :
-Virology (Ed. B. Fields et al, Lippincott-Ravel, New-York, USA.).
-Understanding viruses par Teri Shors (Ed Jones and Bartlett, USA).
-Virology: Molecular Biology & Pathogenesis par Leonard Norkin (Ed ASM Press, USA) |
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| Evaluation : |
| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| La cote finale se compose pour un quart des cotes des travaux pratiques de l'année et pour trois-quarts de la cote de l'examen écrit (QCM). Comme pour les deux autres partims, une note de 8/20 est indispensable pour que l'ensemble du cours puisse être réussi. |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Examen oral. Deux questions portant sur la matière du cours théorique. |
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| Contacts : |
| | Partim 1 : Algologie et mycologie |
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| Enseignant: Prof. V. Demoulin
Institut de Botanique B22 (P.70)
04/366.38.53
V.Demoulin@ulg.ac.be
Assistant: Damien Sirjacobs
Institut de Botanique B.22 (P.70)
04/366.38.54
D.Sirjacobs@ulg.ac.be |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Jacques Piette, Directeur de Recherches FNRS et Professeur Adjoint.
Laboratoire de Virologie & Immunologie, Institut de Pathologie, Bât. B23, 4000 Liège 1 (Sart Tilman)
Tél : 04/366.24.42, Fax : 04/366.24.33, E-mail : jpiette@ulg.ac.be |
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| Remarques : |
| | Partim 3 : Virologie |
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| Il est important de noter que comme pour les deux autres partims, une note de 8/20 est indispensable pour que l'ensemble du cours puisse être réussi |
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| Eléments en ligne : |
Partim 1 : Algologie et mycologie
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| Supports de cours disponibles sur WebCT |
Plusieurs documents support sont disponibles sur la plateforme WebCT ( http://www.webct.ulg.ac.be (http://www.webct.ulg.ac.be/ ) :
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REGNVEG.pdf : "Synthèse des grandes divisions du règne végétal"
Champi 07 Demoulin.pdf: "Les Champignons, notions de base." par V. Demoulin et G. Castillo
Biotec 07 Demoulin.pdf : "Utilisation Biotechnologique des Champignons" par V. Demoulin |
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